پس از فروپاشی نظام پهلوی، نهادهای مختلف یکی پس از دیگری پا گرفت؛ اما فرهنگ حاکم بر نهادهای جامعه مخصوصا نهادهای فراگیری مانند آموزش و پرورش و دانشگاه‌ها، مسأله ساده‌ای نبود که بتوان در کوتاه مدت، تحولات لازم را در آنها بوجود آورد.

از طرف دیگر ادامه کار آنها بویژه دانشگاه‌ها به همان شکل سابق به صلاح جامعه نبود. در اوایل انقلاب، گروهک‌های مختلف، دانشگاه‌ها را عرصه تاخت و تاز خود ساخته و روند تحصیل و تدریس را مختل کرده بودند. همه این مسائل ضرورت تغییر بنیادین در برنامه‌ها و شیوه‌های تدریس و تربیت و اهداف آن را ایجاب می‌نمود؛ در نتیجه، خصوصا با توجه به جو حاکم بر دانشگاه‌ها، مدتی تمام دانشگاه‌های کشور تعطیل شد و به فرمان امام خمینی ستاد انقلاب فرهنگی به منظور ساماندهی امور فرهنگی مدارس و دانشگاه‌ها تشکیل شد. با بازگشایی دانشگاه‌ها، فعالیت ستاد انقلاب فرهنگی ادامه یافت و ضرورت توسعه و تعمیق کار این ستاد ایجاب کرد که در نوزدهم آذر 1364، حضرت امام، رؤسای سه قوه و تعداد دیگری از اندیشمندان فرهنگی کشور را به اعضای آن بیفزایند و بدین شکل ستاد انقلاب فرهنگی با ترکیب جدید خود، تحت عنوان شورای عالی انقلاب فرهنگی فعالیت خود را آغاز نمود. وظایف مصوب این شورا عبارتند از: 1ـ تدوین اصول سیاست فرهنگی نظام جمهوری اسلامی در تعیین اهداف و جهت برنامه‌های فرهنگی، آموزشی، پژوهشی و علمی. 2ـ تعیین مراجع برای طرح و تدوین برنامه‌های فرهنگی، آموزشی، علمی و تحقیقاتی 3ـ تصویب آیین‌نامه‌های مهم و اساس مراکز علمی و فرهنگی، آموزش و پژوهشی کشور 4ـ تصویب ضوابط تأسیس مؤسسه‌ها مراکز علمی و فرهنگی و تحقیقاتی و فرهنگستان‌ها و دانشگاه‌ها و مراکز آموزش‌ عالی 5ـ تهیه طرح و تدوین آیین‌نامه‌ها برای ایجاد زمینه‌های لازم جهت بسیج و مشارکت همه جانبه مردم 6ـ تدوین ضوابط برای گزینش استادان و معلمان دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی 7ـ نظارت بر کلیه مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی 8ـ تأیید نامزدهایی که وزیر فرهنگ و آموزش عالی به عنوان رییس دانشگاه‌ها پیشنهاد می‌کند 9ـ تدوین ضوابط و اصول کلی و سیاست‌های مربوط به توسعه روابط علمی و فرهنگی با کشورهای دیگر 10ـ نظارت بر امور کتاب‌های درسی نگاهی به تاریخچه شورای عالی انقلاب فرهنگیپیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی در بهمن 1357 و بدنبال آن استقرار نظام جمهوری اسلامی بجای نظام ستمشاهی پهلوی تغییر و تحول بنیادین در عرصه های گوناگون اجتماعی را ایجاب می کرد چراکه تحول در نظام از طریق تحول در بنیادها و ساختارها تحقق می یابد . در این راستا مقوله «فرهنگ» از جایگاه ویژه و پایگاه ممتازی برخوردار است و تصور تغییر در نظام بدون تغییر در فرهنگ حاکم بر آن ، تصوری ناموجّه است. صدور پیام نوروزی امام خمینی « ره » در اول فروردین 1359 را باید نقطه عطفی در تاریخ انقلاب فرهنگی دانست ایشان در بند یازده این پیام بر ضرورت ایجاد «انقلاب اساسی در دانشگاه‏ های سراسر کشور»، «تصفیه اساتید مرتبط با شرق و غرب» و «تبدیل دانشگاه به محیطی سالم برای تدوین علوم عالی اسلامی» تأکید کردند. شورای انقلاب به دنبال ملاقات با امام « ره » در بیانیه 29/1/59 خود مقرر کرد که دانشگاه باید از حالت ستاد عملیاتی گروه‏ های گوناگون خارج شود. در این بیانیه، سه روز مهلت برای برچیده شدن دفاتر و تشکیلات گروه‏ ها در دانشگاه‏ ها تعیین و افزوده شده بود که امتحانات دانشگاهی باید تا 14 خرداد به پایان برسد و از 15 خرداد دانشگاه‏ ها تعطیل و هرگونه اقدام استخدامی و مانند آن در دانشگاه متوقف گشته و نظام آموزشی کشور براساس موازین انقلابی و اسلامی طرح ریزی شود. پس از تعطیل رسمی دانشگاه ها ، امام خمینی « ره » در 59/3/23 فرمانی را مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی صادر نمودند . در قسمتی از فرمان ایشان آمده است :«مدتی است ضرورت انقلاب فرهنگی که امری اسلامی است و خواست ملت مسلمان می‏باشد اعلام شده است و تاکنون اقدام مؤثری انجام نشده است و ملت اسلامی و خصوصاً دانشجویان با ایمان متعهد نگران آن هستند و نیز نگران اخلال توطئه گران که هم اکنون گاه گاه آثارش نمایان می ‏شود و ملت مسلمان و پایبند به اسلام خوف آن دارند که خدای نخواسته فرصت از دست برود و کار مثبتی انجام نگیرد و فرهنگ همان باشد که در طول مدت سلطه رژیم فاسد کارفرمایان بی‏ فرهنگ، این مرکز مهم اساسی را در خدمت استعمارگران قرار داده بودند. ادامه این فاجعه که مع الاسف خواست بعضی گروه های وابسته به اجانب است، ضربه ای مهلک به انقلاب اسلامی و جمهوری اسلامی وارد خواهد کرد و تسامح در این امر حیاتی، خیانتی عظیم بر اسلام و کشور اسلامی است. بر این اساس به حضرات آقایان محترم محمدجواد باهنر، مهدی ربانی املشی، حسن حبیبی، عبدالکریم سروش، شمس آل احمد، جلال الدین فارسی و علی شریعتمداری مسؤولیت داده می ‏شود تا ستادی تشکیل دهند و از افراد صاحب نظر متعهد، از بین اساتید مسلمان و کارکنان متعهد با ایمان و دیگر قشرهای تحصیل کرده، متعهد و مؤمن به جمهوری اسلامی دعوت نمایند تا شورایی تشکیل دهند و برای برنامه‏ ریزی رشته‏ های مختلف و خط مشی فرهنگی آینده دانشگاه ها، براساس فرهنگ اسلامی و انتخاب و آماده سازی اساتید شایسته، متعهد و آگاه و دیگر امور مربوط به انقلاب آموزشی اسلامی اقدام نمایند».ستاد انقلاب فرهنگی طبق فرمان امام (ره) ملزم بود که در برخورد با مسایل دانشگاهی فعالیت‏های خود را بر چند محور متمرکز کند:1ـ تربیت استاد و گزینش افراد شایسته برای تدریس در دانشگاه‏ ها 2ـ گزینش دانشجو 3ـ اسلامی کردن جو دانشگاه‏ ها و تغییر برنامه‏ های آموزشی دانشگاه‏ ها، به صورتی که محصول کار آنها در خدمت مردم قرار گیرد.بر این اساس، ستاد از صاحبنظران مختلف دعوت به همکاری نمود و در اولین گام گروه‏ های برنامه‏ ریزی در رشته‏ های پزشکی، فنی و مهندسی، علوم پایه کشاورزی، علوم انسانی و هنر تشکیل شد. از آنجایی که مدیریت دانشگاه‏ ها در گذشته هماهنگ با فرهنگ اسلامی جامعه نبود، باید تغییراتی در مدیریت دانشگاه‏ ها به عمل می آمد، سازمان دانشگاه‏ ها باید دگرگون می‏شد و مهمتر از همه، محیط دانشگاه‏ ها اسلامی می‏شد. برای این منظور، کمیته‏ ای در ستاد با عنوان " کمیته اسلامی کردن دانشگاه‏ ها " ، تشکیل شد.با توجه به ناهماهنگی ضوابط و مقررات حاکم بر دانشگاه‏ ها با شرایط انقلابی جامعه، قسمت اعظم فعالیت‏های ستاد بر اسلامی کردن دانشگاه‏ ها و تعیین ضوابط و مقرراتی منطبق با موازین اسلامی متمرکز شد.در شهریور ماه سال 62 با توجه به نظر امام (ره) مبنی بر لزوم ترمیم و تقویت ستاد و مخصوصاً حضور مسئولین اجرایی در آن، به دنبال نامه رئیس جمهور وقت (حضرت آیت الله خامنه ‏ای)، امام امت در تاریخ 8/6/62 طی نامه‏ ای به پیشنهاد رئیس جمهور مبنی بر ترمیم و تکمیل ستاد انقلاب فرهنگی پاسخ دادند و از این تاریخ ستاد با ترکیب ذیل به فعالیت خود ادامه داد: نخست وزیر، وزرای فرهنگ و آموزش عالی و فرهنگ و ارشاد اسلامی، دو نفر دانشجو به انتخاب جهاد دانشگاهی و آقایان علی شریعتمداری، احمد احمدی، عبدالکریم سروش و مصطفی معین.با بازگشایی دانشگاه ها و توسعه مراکز آموزشی و گستردگی فعالیت ستاد انقلاب فرهنگی ضرورت تقویت این نهاد بیش از پیش احساس شد بطوریکه در 19 آذر 1363 دومین ترمیم عمده ستاد انقلاب فرهنگی توسط حضرت امام خمینی (ره) انجام گرفت و به این ترتیب شورای عالی انقلاب فرهنگی با ترکیبی جدید تشکیل شد. در بخشی از این فرمان آمده است:«خروج از فرهنگ بدآموز غربی و نفوذ و جایگزین شدن فرهنگ آموزنده اسلامی، ملی و انقلاب فرهنگی در تمام زمینه ها در سطح کشور آن چنان محتاج تلاش و کوشش است که برای تحقق آن سالیان دراز باید زحمت کشید و با نفوذ عمیق ریشه دار غرب مبارزه کرد. اینک با تشکر از زحمات ستاد انقلاب فرهنگی برای هر چه بارورتر شدن انقلاب در سطح کشور، تقویت این نهاد را لازم دیدم بدین جهت علاوه بر کلیه افراد ستاد انقلاب فرهنگی و رؤسای محترم سه قوه، حجج اسلام آقای خامنه ‏ای، آقای اردبیلی و آقای رفسنجانی و همچنین جناب حجه الاسلام آقای مهدوی کنی و آقایان سیدکاظم اکرمی وزیر آموزش و پرورش و رضا داوری و نصرالله پورجوادی و محمدرضا هاشمی را به آنان اضافه نمودم».به دنبال استفسار مورخ 29/11/63 رئیس جمهور وقت درباره اعتبار مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی، حضرت امام در تاریخ 6/12/63 پاسخ فرمودند:«ضوابط و قواعدی را که شورای محترم عالی انقلاب فرهنگی وضع می نمایند باید ترتیب آثار داده شود».سومین ترمیم عمده شورای عالی انقلاب فرهنگی به سال 1375 برمی‏گردد. حضرت ‏آیت ‏الله ‏خامنه ‏ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در تاریخی 14/9/75 با صدور پیامی ضمن تعیین ترکیب جدید اعضای شورای عالی بر اهمیت جایگاه و وظایف خطیر آن نیز تأکید نمودند، در این پیام آمده است:«شورای عالی انقلاب فرهنگی که با تدبیر حکیمانه امام راحل عظیم الشان به جای ستاد انقلاب فرهنگی پدید آمد، نقش فعال و مؤثری را در عرصه های امور فرهنگی کشور به خصوص دانشگاه‏ ها ایفا کرد و برکات زیادی از خود به جای گذارد. اکنون با پیشرفت کشور در کار سازندگی و گسترش دامنه نیاز به دانش و تخصص و لزوم فراگیری علوم و فنون و پرورش محققان و نوآوران و استادان و متخصصان کارآمد، اهمیت این بخش از مسایل فرهنگی تأکید مضاعف یافته است. توسعه دانشگاه‏ ها و پژوهشگاه‏ ها و دیگر مراکز آموزش و آموزش عالی که پاسخ طبیعی به آن نیاز است و افزایش چشمگیر کمیت دانشجویی، به نوبه خود تکالیف تازه‏یی را بر عهده مسؤولان امور فرهنگی کشور می‏گذارد که برتر از همه آنها اولاً کیفیت بخشیدن به مایه های علم و تحقیق در این مراکز و ثانیاً پرداختن به تربیت معنوی دانشجویان و هدایت فکر و عمل آنان است».در بخشی دیگر از این پیام، با اشاره به هجوم فرهنگی همه جانبه دشمنان به ارزش‏های اسلامی، فرهنگ اصیل ملی و باورهای مردم آمده است:«همه این حقایق مهم و هشدار دهنده مسؤولان فرهنگی کشور را به تدبیری برتر و اهتمامی بیشتر و تلاشی گسترده تر فرا می خواند و به ویژه شورای عالی انقلاب فرهنگی را که در جهاد ملی با بی‏سوادی و عقب ماندگی علمی و تبعیت فرهنگی، در حکم ستاد مرکزی و اصلی است، به تحرک و نوآوری و همت گماری برمی‏ انگیزد».بدین ترتیب شورای عالی انقلاب فرهنگی وارد مرحله جدید از حیات تشکیلاتی ‏شد. در این مرحله شورای عالی انقلاب فرهنگی موظف گردید در رأس فعالیتهای خود به «مدیریت فرهنگی» جامعه در عرصه های مختلف بپردازد و با سیاستگذاری‏های اصولی خود زمینه را برای پیدایش جامعه‏ای بهره ‏مند از حیات طیبه الهی فراهم سازد.